1176 Miryakefalon Savaşı'ndan sonra Süleyman Şah'ın uç beylerinden Yahya ve
Bekir Beyler tarafından Türk egemenliğine katılmıştır. Bundan dolayı ilçenin
bir mahallesi Yahyalar adını almış, Bekir Bey'in adı da ilçeye verilerek,
Bekirli denilmiş ve daha sonra ilçenin adı halk arasında Bekilli olarak söylene
gelmiştir. Bekilli, Osmanlılar döneminden önce Ayonkarahisar Sancağı'na bağlı
bir köy iken daha sonrada İzmir ve Denizli iline bağlanmıştır. 1910 yılında da
bucak olarak Denizli ili Çal ilçesine bağlı kalmış, 1987'de çıkarılan 3392 sayılı
kanun ile ilçe olmuş ve 09.08.1988 tarihinde teşkilatlanmasını tamamlamıştır.
Kurtuluş savaşı yıllarında, İzmir'in işgalinden iki ay sonra, Bekilli de işgal
edilmiş ve toplam 18 aylık bir işgalden sonra, 30 Ağustos 1922 günü
bağımsızlığına kavuşmuştur.